阜南县人民检察院内设8个职能机构和机关党委。

　　（一） 办公室(科级)

　　负责机关文电、会务、机要、保密、档案等工作；协助院领导处理检察政务，组织协调重要工作部署、重大决策的贯彻实施，管理秘书事务，处理和编发检察信息；负责人大代表、政协委员联络工作；负责有关工作部署、领导批办事项的督查工作。负责检察信息化系统的设施建设、设备选用；检察机关通信、计算机网络、智能会议、信息安全、信息化应用、信息数据的管理、维护和保障工作。

　　编制支出规划和部门预决算，负责财务管理、国有资产管理、政府采购；负责机关车辆使用管理等后勤服务和保障工作。

　　机关党委 负责县人民检察院的党群工作。

　　（二） 政治部（科级）  

　　负责思想政治工作和组织人事工作。协同机构编制部门进行机构编制实名制管理、统计等日常管理事项；负责机关干部人事管理、工资管理、表彰奖励、思想政治、教育培训、意识形态、新闻宣传、检察文化等工作。负责检察机关司法警察警衔管理。负责机关离退休干部工作。

　　（三）第一检察部（普通刑事犯罪检察）

　　负责刑事犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、补充侦查、出庭支持公诉、抗诉以及立案监督、侦查监督、审判监督；负责相关刑事申诉案件的办理；审查办理强制医疗案件。负责对决定不批准逮捕、决定不起诉案件的复议。

　　（四）第二检察部（重大刑事犯罪与职务经济犯罪检察）

　　负责职务犯罪、破坏社会主义市场经济秩序犯罪、侵犯财产犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、补充侦查、出庭支持公诉、抗诉以及立案监督、侦查监督、审判监督；负责相关刑事申诉案件的办理。负责对决定不批准逮捕、决定不起诉案件的复议。

　　对外加挂职务犯罪检察部牌子。

　　（五）第三检察部（刑事执行检察）

　　负责对看守所、社区矫正机构等执法活动的监督，负责对刑事判决裁定执行、强制医疗执行、羁押和办案期限的监督，负责羁押必要性审查；办理罪犯又犯罪案件；负责对法律规定由人民检察院办理的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正犯罪以及按照刑事诉讼法规定需要由人民检察院直接受理的其他重大犯罪案件的侦查。

　　原有驻看守所检察室和社区矫正检察室不纳入内设机构改革，予以保留。

　　（六）第四检察部（民行与公益诉讼检察）

　　负责办理对人民法院已经发生法律效力的民事、行政判决、裁定、调解书的监督案件；负责对人民法院民事、行政诉讼活动以及民事、行政执行活动进行法律监督；对审判监督程序以外的其他民事、行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议；开展民事支持起诉工作；负责相关民事、行政申诉案件的办理。负责办理破坏生态环境和资源保护、食品药品安全领域侵害众多消费者合法权益等损害社会公共利益的民事公益诉讼案件；负责办理生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域的行政公益诉讼案件；负责办理侵害英雄烈士姓名、肖像、名誉、荣誉的公益诉讼案件；对同级法院开庭审理的公益诉讼案件，派员出席法庭；依照有关规定提出检察建议；负责相关公益诉讼申诉案件的办理。

　　对外加挂公益诉讼检察部牌子。

　　（七）第五检察部（未成年人检察）

　　负责未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、补充侦查、出庭支持公诉、抗诉以及立案监督、侦查监督、审判监督；负责相关刑事申诉案件的办理；开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪工作。

　　对外加挂未成年人检察工作部牌子。

　　（八）综合业务部（与检察委员会办事机构合署办公）

　　负责案件的统一受理流转、办案流程监控、涉案财物的监管、法律文书监管、案件信息公开；负责组织办案质量评查、业务考评；负责业务统计分析研判；负责管理检察机关统一业务应用系统；负责人民监督员工作；负责检察机关技术工作的管理、指导和司法鉴定机构、人员的管理，负责与案件有关的检验鉴定、技术性证据审查、参与勘查取证等工作。负责检察机关贯彻执行党的政策、国家法律情况以及检察业务工作的调查研究；负责检察理论研究工作；承办检察工作适用法律问题的请示事项；承办检察委员会日常工作。处理来信来访，受理控告申诉；承办国家赔偿案件；负责国家司法救助工作。负责检察机关司法警察勤务管理和使用。负责对执行法律、法规和有关检察工作规定、决定情况进行督查，承担内部执法监督和组织检务督查职能；负责检风检纪督查；负责与派驻本院纪检监察机构的工作协调。负责司法体制改革综合协调相关工作；起草审核文件文稿。与检察委员会办事机构合署办公，对外加挂法警大队和国家赔偿工作办公室牌子。